Bösartige Tumore diagnostizieren: Forscher des Karolinska Institutet in Schweden haben eine neue kostengünstige Methode entwickelt, mit der besonders heterogene Tumore identifiziert werden können, die in der Regel sehr aggressiv sind und daher einer intensiven Behandlung bedürfen.
Ein gemeinsames Merkmal von Krebszellen sind Veränderungen in der Anzahl der Kopien, die jedes Chromosom oder Gen im Genom aufweist – ein Phänomen, das als Kopienzahländerungen oder CNAs bezeichnet wird. Innerhalb desselben Tumors können Zellen, die zu verschiedenen anatomischen Teilen des Tumors gehören, unterschiedliche CNAs tragen. Tumore mit vielen CNAs sind typischerweise sehr aggressiv und neigen dazu, sich auch nach intensiven Behandlungen häufiger zu erneuern.
Jetzt hat das Bienko-Crosetto-Labor am Karolinska Institutet und das Science for Life Laboratory (SciLifeLab) in Schweden eine neue genomische Methode namens CUTseq entwickelt, die die Menge und Art der CNAs in vielen verschiedenen Teilen desselben Tumors zu einem deutlich niedrigeren Preis als die bisherigen Technologien bewerten kann.
„Ich gehe davon aus, dass CUTseq viele nützliche Anwendungen in der Krebsdiagnostik finden wird“, sagt Nicola Crosetto, Senior Researcher am Department of Medical Biochemistry and Biophysics, Karolinska Institutet, und einer der leitenden Autoren der Arbeit. „Die multiregionale Tumorsequenzierung wird zunehmend im diagnostischen Bereich eingesetzt, um Patienten mit sehr heterogenen Tumoren zu identifizieren, die aggressiver behandelt werden müssen. Ich glaube, dass unsere Methode hier eine führende Rolle spielen kann.“
Das Verfahren zur Erkennung bösartiger Tumore arbeitet mit DNA, die aus mehreren Biopsien und sogar aus sehr kleinen Teilen dünner Gewebeschnitte extrahiert wird – die Art von Probe, auf die sich Pathologen häufig verlassen, um eine Krebsdiagnose unter dem Mikroskop durchzuführen.
Durch die Markierung der aus mehreren Regionen derselben Tumorprobe extrahierten DNA mit einzigartigen molekularen Barcodes kann mit einem einzigen Sequenzierungsexperiment ein umfassendes Bild der Heterogenität von CNAs in einem Tumor gewonnen werden.
Die Anwendungen von CUTseq beschränken sich nach Ansicht der Forscher hinter der neuen Methode nicht nur auf die Krebsdiagnostik bösartiger Tumore
„CUTseq könnte beispielsweise als Plattform für die Authentifizierung von Zelllinien und zur Überwachung der Genomstabilität in großen Zelllinien-Repositorien und Biobanken verwendet werden“, erklärt Magda Bienko, Senior Researcherin am Department of Medical Biochemistry and Biophysics, Karolinska Institutet und andere Senior Authorin der Arbeit.
Das Forscherteam, das die Methodik entwickelte bestand aus den Wissenschaftlern Xiaolu Zhang, Silvano Garnerone, Michele Simonetti, Luuk Harbers, Marcin Nicoś, Reza Mirzazadeh, Tiziana Venesio, Anna Sapino, Johan Hartman, Caterina Marchiò, Magda Bienko und Nicola Crosetto. Das neue Diagnoseverfahren, um bösartige Tumore zu erkennen, wurde in der Fachzeitschrift Nature Communications vorgestellt.
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